Los franceses lograron mantener su presencia en el Sahara argelino, gracias a los considerables avances realizados por sus técnicos para la explotación de los depósitos de petróleo y gas. En 1962, Ahmed Ben Bella, fue elegido primer presidente de la Argelia independiente. A mediados de 1965 Bumedián, ministro de Defensa, dio un golpe de Estado sin derramamiento de sangre y asumió el poder supremo. Cuando murió en 1978, el coronel Chadli Benyedid fue elegido para sucederle, siendo posteriormente reelegido en 1984.

En 1988, estalló una crisis económica y Benyedid fue reelegido para un tercer período de cinco años. Se aprobó una nueva Constitución en febrero de 1989, en la que se permitió el libre acceso de otros grupos a la escena política. En enero de 1992, ante el temor de que los fundamentalistas islámicos se hicieran con el control de la Asamblea, un grupo de militares y funcionarios civiles forzaron a Benyedid a dimitir. Declararon el estado de emergencia, disolvieron el Parlamento y establecieron un denominado Comité Superior de Estado con Mohammed Budiaf como presidente. Esto precipitó el inicio de un conflicto violento entre el gobierno y los extremistas islámicos.

Cuando Budiaf fue asesinado en junio de 1992, Alí Kafí fue nombrado su sustituto en la Jefatura del Estado. Se estableció entonces una Presidencia colectiva formada por cinco miembros, conocida como el Consejo Supremo, con Kafí al frente. En enero de 1994, el Consejo Supremo nombró al ministro de Defensa, Liamín Zerual, presidente de Argelia durante un periodo interino, siendo en 1995 reelegido.

Ejército y grupos armados integristas, como el Grupo Islámico Armado, el más radical de todos ellos, continuaron entregados a una sangrienta lucha. En el mes de diciembre de 1997 y enero de 1998, coincidiendo de nuevo con el Ramadán, se produjeron nuevas matanzas. El presidente Zerual anuncio su retirada de la Jefatura de Estado en septiembre de 1998. En 1999 tuvieron lugar las elecciones en las que resultó ganador Abdelaziz Buteflika.