El programa de reconciliación nacional promovido por Buteflika se plasmó el mismo año de su elección con el indulto otorgado a miles de islamistas y con la aprobación parlamentaria de la Ley de Concordia Civil, un mes después de que el Ejército Islámico de Salvación (EIS), brazo armado del FIS, anunciara el cese definitivo de sus acciones.

En 2001 estalló una grave rebelión en la Kabilia, ante la cual el gobierno anunció una reforma constitucional que reconocía al bereber como lengua nacional. Esta medida no satisfizo a los líderes de la revuelta, y la tensión se hizo de nuevo patente durante las elecciones legislativas del 30 de mayo de 2002.

El 5 de mayo de 2003, Buteflika destituyó a Benflis y designó primer ministro a Ahmed Uyahia, líder del partido Reagrupamiento Nacional Democrático. Esta situación se produjo tras agudizarse los desacuerdos entre el jefe de gobierno y el presidente en torno a cuestiones económicas y a la cuestión de la Kabilia. El día 21 de mayo un fuerte terremoto causó millares de muertos y heridos en Argel y otras ciudades próximas. Este hecho tuvo consecuencias políticas, ya que en las poblaciones afectadas se produjeron numerosas protestas contra Buteflika, a cuyo nuevo ejecutivo se acusaba de no haber reaccionado con presteza en la disposición de ayuda urgente para los damnificados.