Pero llegó la guerra civil. Desde 1992, Argelia ha sido un fondo de batalla entre fundamentalistas islámicos, grupos incontables de milicianos, tropas más o menos controladas por el estado y la minoría étnica bereber. Decenas de millares de personas han muerto de las formas más brutales y hay continuos ataques contra las infraestructuras – incluidas las turísticas. También han hecho que los extranjeros se vean amenazados y, en los primeros años del conflicto, eran un objetivo concreto para las milicias islamistas.
Desde las elecciones de 1999, la situación es algo más tranquila, pero las masacres, los ataques terroristas y el malestar político son todavía algo habitual. Solamente zonas del sur de Argelia se han visto menos afectadas por el sangriento conflicto, pero el debilitado poder del estado ha dado lugar al florecimiento de una criminalidad habitual, haciendo el recorrido por tierra en el Sáhara argelino demasiado inseguro para los turistas.
Durante los más de diez años de conflicto, se ha aconsejado a los extranjeros evitar Argelia, si es posible, totalmente. La mayoría de las embajadas huyeron del país hace 10 años, haciéndolo aún más difícil para que los turistas visiten el país y busquen ayuda si algo va mal.
Naturalmente, la industria turística del país que emergía en esos momentos decayó durante la desaparición de las visitas extranjeras. La mayoría de los hoteles de calidad funcionaban bien y los sitios turísticos – que todavía eran muy pocos en 1992 – han tenido que cerrar. Ahora, solamente un grupo de «grandes hoteles reconocidos internacionalmente en donde se proporciona seguridad» (según el Departamento de Estado de EE.UU.) es el único recomendado por gobiernos extranjeros y el único completamente operativo.